Если взять в пример клиент NekoBox, ему можно в настройках указать входящий адрес и порт, который он будет прослушивать, т.е. проксировать трафик только тех программ, которые обращаются на этот адрес, остальные же программы будут ходить в сеть напрямую.
Настройки NekoBox<

В настройках программы можно указать в качестве прокси-сервера этот адрес, и она будет ходить в сервер только через него. В случае, если в программе не предусмотрена настройка прокси, можно подружить их через proxifier.
При этом системные настройки прокси не задействованы совсем.
В то же время, в клиенте wireguard, openvpn такой настройки нет, при поджключении к серверу он работает в режиме системного прокси, и все программы ходят в сеть только через него. Единственное, некоторые можно заставить не использовать никакой прокси, но это не всегда возможно и всегда неудобно.
Из этого вопрос: как заставить клиент openvpn (wireguard и другие) слушать определенный адрес и порт, и перенаправлять трафик только с него? Есть ли для этого какие-то программы, может нужно городить витуальные сетевые адаптеры, etc, etc, etc, дайте пожалуйста направление. Пока что мне видится вариант разворачивать клиент в виртуалке и пробрасывать порты в нее, но это бред, как из пушки по воробьям.