Найди и удали лог-файлы вручную. Например:
sudo rm /var/log/rkhunter.log
Если система отказывается удалять файл, возможно, на нем установлен неправильный флаг прав. Проверим права на файл:
ls -l /var/log/rkhunter.log
Если у файла есть особые флаги, например, immutable (неизменяемый), его нужно снять:
sudo chattr -i /var/log/rkhunter.log
После этого попробуй удалить файл снова:
sudo rm /var/log/rkhunter.log