Через стандартные настройки Windows. В разных версиях называется чуть по-разному, но смысл один: Свойства панели задач - отображение значков в области уведомлений. Или так не получилось?
При отключении программ с этой вкладки они как раз появляются в этом разделе, как на скриншоте. При включении они появляются на панеле задач самой справо, где все значки такие как интернет, звук и др (если они включены аналогично)
FawR, Да, сорри, там реально можно только всё это меню целиком выключить. Когда-то в настройке был пункт "отключить системные значки", я наверное с ним попутал. Значки приложений скорее всего и раньше не скрывались.