Во первых не нужно отвечать самому себе, надо исправлять вопрос.
Во вторых - проблема, как я говорил в парсере. Точнее в функциях аплоада, которые про разному работают для разных форматов
В медиатеке не видно не потому, что "не туда" складываются. а потому что твой парсер неправильно работает - не только не туда складывает, но и не пишет в базу данные о них. Соответственно ВП о них ничего не знает.