каким образом вообще распространять софт (дистрибутив), чтобы все было максимально автоматизированно в плане инсталляции и настроек ?
Дистрибутив - никак, ну то есть как хотите, но толку от этого не будет. Софт - как всегда в линухе - пакетами (для source-based - портеджами или как там они называются, ну в общем протоколами установки и настройки).
Пакет - это готовый, собранный софт плюс "спека", то есть спецификация установки, которая:
- разложит софт по папкам
- настроит необходимые права
- создаст необходимые каталоги
- и сделает все, что еще надо...
(Для source-based портедж - это спека плюс указание откуда качать. Хотя пакеты в них тоже есть)
Разумеется, устанавливается пакет с рутовыми правами. Это общим момент - все админские задачи делаются с админскими правами и никак иначе.
Настройку USB-устройств можно делать через udev. "Как в винде" - такой возможности нет.
Сразу укажите дистриб - в разных дистрибах разные пакетные менеджеры.