"Думал" - это такая же часть реализации, как и "писал", так что выделять отдельно её нет никакого смысла.
Другое дело, что если задача большая и непонятная, то её декомпозируют на "исследование", "проектирование", "мониторинг после деплоя" и т.п. И каждый такой этап - это, по сути, отдельная (атомарная) задача.
У нас при этом принято каждый день отмечать потраченное время в задачу и оставлять комментарий, если это время ушло на что-то необычное ("не работал сервер", "пошёл не по тому пути" и т.п.). Системно за этим никто не следит, но иногда такие комментарии помогают на ретроспективах/постмортемах или клиенту доказать, что перерасход по задаче был не по нашей вине (а потому что требования в процессе они меняли три раза и не могли два месяца выделить ресурсы) и его придётся оплатить.