Разный пакетный менеджер, соответственно разные репы и мэинтейнеры, часть софта собрана в дефолте с разными ключами, имеет разные имена и пути к конфигам, в остальном то же самое.
Fedora - песочница красной шапки для обкатывания новых технологий, для серверов слишком нестабильна. Ubuntu - на сегодня уже самостоятельная система выросшая из Debian имеет с ним много общего, но содержит чуть новее пакеты, LTS версия вполне годна для серверного использования. Как то так.