clonezilla из коробки умеет такое (со всеми популярными файловыми системами), за исключением ntfs, а точнее, если тебе не повезет и ее mfat окажется раскидан по разделу, то уменьшение раздела будет возможно только до этой точки (и кажется даже перенос всех файлов в другое место не поможет, mfat не умеет уменьшаться, ну или я не знаю таких утилит)
Поэтому если тебе gparted не помог, то и clonezilla тоже скорее всего не справится, тут только backup - format - restore