даже если они будут в одной рабочей группе — это нормальная ситуация когда в сети несколько master browsers.
будут назначены выборы основного. победит с более старшей операционной системой и аптаймом.
Судя по описанной ситуации, влияния друг на друга не будет. IP разные, рабочие группы друг на друга не влияют, DHCP в подсети должен быть один и он один, DNS друг на друга не влияют, даже если их несколько.