Можно. на linux для этого нужно использовать маршрутизацию на основе политик (pbr, policy base routing).
Например: прокси у Вас слушает на каком-то внешнем порту.
Обращения идут на этот внешний порт и в сеть выходят через Ваш шлюз поумолчанию (а не через интерфейс wireguard, как Вы хотите).
Для того чтобы настроить pbr нужно примерно следующее:
С помощью iptables нужно маркировать трафик от прокси.
С помощью утилит из пакета iproute2 создать новую таблицу маршрутизации и указать в ней что шлюзом поумолчанию является интерфейс wireguard. А также что эта таблица будет использоваться для маршрутизации
маркированого трафика. Тогда всё что идет через прокси будет направляться в туннель.