У него есть exe файл, просто он находится в специальной защищенной папке. В теории можно попробовать выяснить через process explorer точный путь, но я не уверен, сможет ли necobox с этим работать.
Как альтернативный вариант - настрой чтобы тоннель работал для всех приложений, а для тех, которые не должны работать через VPN - добавь в список исключений.
(Либо наоборот, если хочешь чтобы Minecraft работал в обход)
Либо можно настроить фильтрацию по Ip/ и порту, чтобы аутентификация с Microsoft шла через VPN, а подключение к серверу - напрямую (благо узнать адрес сервера не трудно)
Средний
