Указанные команды работают просто с файлами ini и максимум правят mbr запись в первом секторе (и загрузчик после них).
Мало того, все эти команды будут работать только для legacy mbr режима загрузки, но не затронут EFI записи в биосе, т.е. используемые вами команды имели смысл для старых win7 (хотя в принципе вроде еще возможно заставить win10 запускаться без efi но это хак)
В общем эти команды не должны были сломать файловую систему, но вот если во время записи mbr произошел аппаратный сбой и информация о разделах стала потеряной.
Так как нужные файлы размещались на другом разделе, его достаточно просто найти и смонтировать в linux без починки, просто указав смещение, с помощью:
losetup -o номер_сектора /dev/loopX /путь/к/образу_диска_флешки.raw
будет создано устройство /dev/loopX (где X номер свободного, так как примеру в ubuntu эти устройства активно используются snap пакетами) которое можно монтировать как обычное устройство (оно кажется автоматом будет обнаружено и смонтировано в файловом менеджере)
Найти адрес раздела можно с помощью открытой утилиты TestDisk (она автоматически просканирует и определит тип файловой системы), осторожно, она может найти iso-шки и образы других файловых систем
p.s. НАДЕЮСЬ вы уже сделали копию флешки и работаете только с этой копией?