Обычно это происходит так. Открываем PDFку в браузере (любом), и убеждаемся, что в открытом виде она содержит все страницы, т.е. последняя содержит окончание текста в явном виде (это приходится делать из-за того, что в последнее время участились случаи, когда бесплатно выкладывают лишь кусок текста - для заманухи, чтобы заставить читателя выложить денежки за полный текст). Затем кликаем по тексту ПКМ и в выпавшем меню выбираем пункт "Сохранить как...". Далее выбираем место сохранения (например, Рабочий стол), кликаем ОК (ну или "Сохранить"), и... всё.
Это если как обычно. Но мало ли чего в интернете бывает - может, ваш сайт устроен необычно.