почему PageSpeed Insights показывает обратное?
На эту часть ответить легко. PageSpeed Insights оценивает по формальным признакам, ожидая, что внедрением рекомендаций занимается человек, и человек делает это с умом.
А плагин позволяет так же формально подгонять результат под оценку - переносить javascript в конец, склеивать css в один файл. Но, по факту, от этих автоматических действий ситуация лучше не становится.
Замедление может быть от того, что регулярки ( я предполагаю, что там всё на регулярках), которыми оперирует плагин, тяжёлые.