В слоте pci-e 4.0 этот ssd будет работать в режиме 3.0, т.е. не будет никакой разницы.
Версия pci-e определит максимальную скорость передачи данных, но она может быть даже с меньшей версией быть лимитирована самим ssd, поэтому ориентироваться нужно именно на этот показатель. И да, если устройство, поддерживающее более высокую версию pci-e и работающее на максимально доступной для этой версии скорости, подключить в слот с меньшей версией pci-e, то и скорость итоговая логично будет понижена.
НО! обыватель скорее всего в обычных задачах не заметит никакой разницы от понижения скорости чтения nvme ssd в 2-4 раза, кроме совсем уж простых типа копирование файлов, либо эта разница будет не существенная. Современные ssd давно не являются узким местом в компьютере (за исключением ситуаций, требующих большой объем записываемых данных или уж очень высокие iops, но это повторяю, не типичные задачи)