Иван Глебов, не может. Дабл-клик не глючит, он происходит, как понятно по тексту вопроса. При этом энтер (не) работает так же, но из консоли программы запускаются.
Соответственно, это какой-то глюк Наутилуса (или что там в основной Убунте сейчас).
Можно проверить, поставив PCManFM, например - убедиться, что в нем все работает... или копать дальше.
Если в свойствах ярлыка включить запуск в терминале, что-нибудь изменится?
Любое ли приложение так глючит? а если создать свое приложение (bash script) который будет ждать ввод пользователя, что будет в окне терминала?