какой фреймворк для подобной проблемы
Django + DRF/Ninja + Nginx.
Слышал про GIL, но не знаю, будут ли из-за него трудности.
При средних нагрузках - будут, но обходится это относительно не сложно (многопроцессорность или внешние библиотеки). При больших нагрузках Python не используют.
Справится ли этот backend с нагрузкой до 1000 запущенных процессов (операций работы с файлами, обрабатываемых на сервере единовременно)?
Я бы сказал, что проблем не будет, но с одной жирной оговоркой - если Вы сможете написать бэк с верной асинхронной архитектурой, с множеством инстансов, очередями и кэшированием.
Если есть сомнения в Ваших возможностях, то Java или Go справятся с этой задачей лучше.
Но с другой стороны, Python позволит быстро написать MVP, а узкие места потом всегда можно переписать на Go.