На Битриксе версии 23.750+ Настройки (рядом с логотипом) -> Сотрудники -> Приглашения.
Выключить "Показывать сообщение о новом сотруднике"
Или через php-консоль (скорее всего работает на версих младше):
\Bitrix\Main\Config\Option::set('im', 'general_chat_message_join', false);