Вопрос похоже поставлен некорректно.
На гитлабе хранятся только исходники. Там не надо выполнять миграции.
Создать миграцию - это сделать файл миграции, который будет преобразовывать БД.
Выполнить миграцию - это применить логику этого файла к конкретной БД.
Выполнять миграцию вы можете на любой машине, но подключаться при этом должны к конкретной БД на которой хотите применить эту миграцию.
Обычно к какой БД подключаться указывается в настройках.
Если у вас есть продакшн-сервер, на котором запущен проект, то миграции делаются (выполняются, применяются к БД продакта) при деплое (релизе) очередной ревизии. Обычно это происходит после успешного слияния текущей рабочей ветки в релизную.
Есть такой механизм, который называется CI\CD. Он отвечает за обнаружение нового коммита в релизной ветке, сборку продукта (докер-образов, например) и выкатку (остановку старой и запуск на проде новой версии продукта). При этом настроен автоматический запуск миграций.