Во-первых, про митигирование (смягчение) проблемы. В настройках MSSQL можно ограничить максимальный размер файлов для tempdb (как и для любой БД). Вероятно, при переполнении в таком случае пользователь с "плохим" запросом получит какое-то сообщение об ошибке в 1С (но это не точно); простые запросы, не требующие tempdb продолжат выполняться.
Во-вторых, по существу вопроса: tempdb работает на уровне MSSQL и 1С не знает, когда растёт tempdb. В свою очередь, MSSQL не знает ничего о пользователях 1С, для него это только абстрактные данные в абстракной таблице в абстрактной БД. Как минимум, нет простого способа реализовать желаемое. Насчёт сложных способов лучше спросить на профильном форуме 1С-ников.
В-третьих, малыми силами можно мониторить размер tempdb (сторонним ПО, даже самописным скриптом) и отправлять уведомление админу, чтобы админ мог по горячим следам искать виновника.