Не допускать ситуаций, где нужно делать массовую замену.
Если допустили такое, то устранить технический долг:
1. Создать переменную контекста с телефоном (и другие "глобальные" переменные для описания страниц).
2. Исправить шаблоны, где формируется описание страницы, чтобы часть сведений бралось из переменных контекста Modx.
3. Средствами mysql найти все записи в таблице modx_site_content, где упоминается телефон:
select id,
pagetitle,
description,
regexp_replace(description, '123\-456\-789', '') new_descr -- проверить, как будет выглядеть описание, после применения функции замены !!!
from modx_site_content
where description like '%123-456-789%'
and parent = 1 -- если необходимо, то можно взять только потомков определенной страницы
4. Помучить регулярку regexp_replace, чтобы корректно получался new_descr (телефон должен быть убран, без ущерба к другим данным строки).
5. Обновить описание найденных страниц, функцией update используя тщательно выверенную регулярку.
update modx_site_content
set description = regexp_replace(description, '123\-456\-789', '')
where description like '%123-456-789%'
and parent = 1 -- если необходимо, то можно взять только потомков определенной страницы
6. Сброcить кэш страниц через панель управления Modx.
7. Впредь использовать переменные контекста или отдельные чанки и сниппеты для продуцирования одинаковых данных.