Добро пожаловать в клуб любителей установки нескольких ОС не ознакомившихся с правилами установки нескольких ОС до начала установки второй ОС =) Скорее всего при установке на второй диск винда просто добавила свою запись в загрузчик, установленный на первом диске, а на второй диск загрузчик не был установлен, а в биосе первый диск стоит как загрузочный. А может еще что-то. Варианты, того, что у вас там произошло примерно описаны вот
тут. Что делать теперь зависит от того, что у вас там сейчас есть и какой именно результат вы хотите получить. Для начала выясните куда, как и какая была установлена винда. Ну а далее уже исправляйте до нужного результата. Самый простой способ - оставить один диск, удалить на нём все что есть полностью и поставить винду, чтобы она сама разметила как надо.
