Если все работает, вирусов не обнаружено (можете для спокойствия проверить машину каким-нибудь livecd kasperski/drweb у обеих компаний они бесплатные для домашнего использования), то достаточно сменить пароли на сервисах, о доступе к которым у вас есть опасения (а так же проверить наличие удаленных подключений, типа как сессии у whatsup/telegram/..., хотя обычно при смене пароля они удаляются).
Сброс до заводских настроек откатит состояние системы назад, затем система будет загружать и устанавливать обновления, считай часы - сутки, в зависимости от интернета и скорости диска/ssd... так же придется устанавливать все приложения заново, а если не использовались облачные аккаунты браузера - восстанавливать и их настройки, в общем процесс не моментальный и к нему придется готовиться заранее.