Циклом по файлу bonus.csv (обычные функции php работы с файлами)
берём в очередной строке телефон, по нему берём пользователя (апи Битрикс CUser::GetList)
и его бонусы (апи Битрикс CSaleUserAccount::GetByID).
Обновляем бонусы как Вам нужно CSaleUserAccount::UpdateAccount