Есть 2 сайта. Тематически второй можно разместить на поддомене.
Какого рода материал на обоих сайтах? Если близкий по смыслу и подаче, то лучше на 1 домен подпапками, и наоборот.
На крупные ресурсы я бы не стал ровняться, у них могут быть дополнительные факторы ранжирования, недоступные ресурсам поменьше.