Я так понимаю у Вас коробка, раз можете менять сервер уведомлений.
У нас было такое что звук уведомлений не проходил, на одном устройстве всё ок, на другом устройстве звука нет и счетчик обновлялся после обновления страницы. Вы используете bitrix vm ?
Вообще, если есть лицензия, рекомендую в параллели обратиться в тех.поддержку, они вас закинут до второй линии и там уже скорее всего устранят. Нам именно тех.поддержка устранила проблему, но сейчас тот проект закрылся, и не могу посмотреть историю чата что они именно сделали. Проверку без ошибок проходите?
P.S. знаю что ошибка, это так и нужно