Файлов на устройстве нет. Логично, что шифровать будет нечего.
Но это всё красиво только для файлохранилища, где файлы тупо лежат и с ними ничего не делают. Очень изредка оттуда достают.
Любая попытка открыть файл приводит к тому, что он из онлайнового становится автономным - скачивается на компьютер. Например, это какой-то документ и Вы открыли его в офисной программе. Придётся, завершив с ним работу, отдельным действием делать его опять онлайновым, чтобы убрать с компьютера.
Файлы "перетащенные" в папку дропбокса тоже по умолчанию считаются автономными.
Не гарантирую, что на 100% всё правильно описал, но ранее было так.
Так что, по-моему, гемморой это ещё тот!
Ну и напоследок, онлайновые файлы хранятся только в одном месте, что автоматически снижает надёжность их хранения. А если Вы и так делаете у себя необходимые бекапы, то и автономным файлам шифровальщик не особо страшен.