Для платежных систем нету разницы на каких сайтах находится ваш бизнес. Обычно это один договор с одним агрегатором, который предусматривает, что ваших доменов-магазинов может быть множество Процесс подключения магазина выглядит немного по разному в разных агрегаторах (орг.сторона вопроса). Обычно это подтверждение реальности компании и директора. Например fondy меня попросили - свидетельство о регистрации, приказ/протокол о назначении директора, ИНН, копия паспорта директора. Отправил им документы - сразу же ответили, после этого начали работать.