на знаю как в RHEL-based дистрах, но в Debian-based дистрах установка certbot устанавливает и периодическое обновление через крон/таймер systemd
но не это главное, а то, что некому делать
И перезапить двух txt файлов в DNS на поддомене _acme-challenge.название-сайта.ru
для этого нужно написать отдельные скрипты, которые потом скармливаются certbot-у через что-то подобное
certbot certonly --manual \
--preferred-challenges dns \
--manual-auth-hook $prefix/dns-add.sh \
--manual-cleanup-hook $prefix/dns-del.sh \
--deploy-hook $prefix/deploy.sh \
-d ...
где dns-add.sh через nsupdate (разрешение обновления настроено на собственных NS-серверах) делает что-то типа
nsupdate -k $dnsKey <<COMMANDS
;debug
server $master
add $targetRecord 60 TXT "$CERTBOT_VALIDATION"
send
COMMANDS
а dns-del.sh по аналогии удаляет, но оба требуют доработки под конкретного DNS-провайдера