Может проблема в том что woocommerce не тянет такое количество товаров.
WC пофик на кол-во товаров.
А вот фильтры, написанные без понимания работы WP+WC вполне могут и тормозить и вообще повалить сайт. Особенно если при этом ещё и тема кривая и используются кривые решения для товаров.
так и который из плагина.
Надо сразу писать какого плагина. Возможно достаточно будет его сменить и правильно настроить.
И ещё, может кто то занимается переносом сайта с wordpress на opencart, если это решит проблему.
Это дурость - менять движок живого сайта из-за каждой возникающей проблемы.
А для ИМ крайне важно иметь в штате (/на фрилансе) специалиста, обслуживающего сайт/сервер.