Во-первых, определять какие-либо глобальные переменные в header.php шаблона сайта - дурная практика. Есть обработчики событий (типа OnProlog), делайте это там.
Во-вторых, сильно подозреваю, что у Вас не значение переменной где-то кешируется и кешированным попадает в компонент (у Вас же этот компонент исполняется после header.php , верно?), а кешируется вывод компонента, то бишь его шаблон. Сделайте вывод этой глобальной переменной в component_epilog.php шаблона компонента, это должно прояснить ситуацию.
Кстати, использовать глобальные переменные для примитивов (строка, число) нежелательно, используйте свойства страницы - это те же глобальные переменные, но "по фэншую".