Сами по себе сертификаты, без сервера (программного), который их использует, смысла не имеют. У каждого сервера есть конфигурация, в которой указаны доменные имена, которые этот сервер обслуживает. Следовательно, нужен скрипт, который периодически будет шерстить конфиги серверов, доставать оттуда имена доменов, делать общий список, запрашивать на LE сертификаты для каждого домена и, после получения сертификатов, перезапускать службы серверов.