Это называется кросскомпиляция, формально она возможна, так как промежуточно nuitka генерирует c++ код, и его уже после компилирует с помощью gcc, который в свою очередь умеет и разные архитектуры и разные ос (с оговорками).
Из linux например точно с помощью mingw можно собирать windows приложения... по уму не должно быть особых проблем для этого, вопрос только в организации процесса
Нужный тебе
issue все еще открыт, но там обсуждают как это сделать.