csv не простой формат, строки в нем могут содержать разделители, ковычки и даже переводы на следующие строки. Поэтому рекомендуется работать с ним через библиотеки.
Но если ты точно знаешь, что таких сложных ситуаций нет, и можно обойтись простым split, то код будет простой... читаешь построчно файл, парсишь колонки, и тут же из нужных формируешь строку, удалив ненужные колонки и пропуская не нужные строки, записываешь в новый файл.
По окончанию работы, если ошибок не будет, старый файл удаляешь (или переименовываешь его в xxx.bak) а новый переименовываешь под старым именем