wine в каких то случаях пытается перенести ярлыки приложений windows -> linux но возможно это работает в каких то неизвестных мне комбинациях DE и версий wine.
у wine есть понятие WINE_PREFIX, это каталог (по умолчанию ~/.wine/ ) где в каталоге ~/.wine/drive_c лежат файлы windows (там еще есть симлинки на диски, например dosdevices/z: это ссылка на домашний каталог пользователя, можно оставлять свои).
чтобы запустить приложение, нужно написать wine полный_или_относительный_путь_до_приложения т.е. к примеру
wine ~/.wine/drive_c/Program\ Files\ \(x86\)/WinRAR/WinRAR.exe
можно кстати написать
wine "c:\Program Files (x86)\WinRAR\WinRAR.exe"