Нашёл решение без использования сторонних программ (для GUI WinAPI). Это системное средство автоматизации от Microsoft, имеющееся в Windows — PowerShell.
Вот демонстрационный пример эмуляции ввода с клавиатуры, в котором в работающем Калькуляторе (старая версия MS от 2004 года) включается Инженерный вид и вычисляется арксинус от 0,5 (результат — 30 градусов).
файл test.ps1
$wshell = New-Object -ComObject wscript.shell;
Sleep 1
$wshell.AppActivate('Калькулятор Плюс')
Sleep 1
$wshell.SendKeys("%")
Sleep 1
$wshell.SendKeys("{RIGHT}")
Sleep 1
$wshell.SendKeys("{DOWN}")
Sleep 1
$wshell.SendKeys("{DOWN}")
Sleep 1
$wshell.SendKeys("{ENTER}")
Sleep 1
$wshell.SendKeys(".5")
Sleep 1
$wshell.SendKeys("is")
Sleep 9
Для запуска неподписанного скрипта надо запустить PowerShell с ключом отключения проверки подписи (можно сделать пакетный файл):
PowerShell.exe -ExecutionPolicy Bypass -File test.ps1
Аналогично можно сделать управление мышью.
Источники:
Эмуляция нажатия клавиш в PowerShell
Отключение запрета выполнения скриптов в PowerShell
Перемещение мыши в PowerShell
Перемещение и нажатие кнопок мыши в PowerShell
Кликание в конкретные объекты в PowerShell