Рекомендую посмотреть на плагин CRM for JIRA.
Сам пользуюсь данным плагином, богатый функционал и смешная цена (50 баксов). Легко настраивает кастомные поля.
В связи с тем, что у Вас все клиенты ведутся во другом продукте, возможно потребуется додумка синхронизации списка клиентов в CRM for JIRA и Dynamics CRM. Там есть импорты и экспорты, так что при желании все реально, без каких либо заморочек.
Автоматически по автору можно выставлять организацию и так далее. В общем интересная штука.