В итоге, решил проблему самостоятельно, хоть и костыльным методом, но зато работает. Если кому нужно, вот мой способ:
Файл /bitrix/components/bitrix/mail.client.config/templates/.default/edit.php
Строка 444
Код (правка - слово "unchecked"):
<div class="mail-connect-form-hidden-block">
<div class="mail-connect-option-email">
<input class="mail-connect-form-input mail-connect-form-input-check" type="checkbox"
name="fields[use_crm]" value="Y" id="mail_connect_mb_crm_switch"
onchange="BX('mail_connect_mb_crm_form').style.display = this.checked ? '' : 'none'; "
<? if (empty($mailbox) || !empty($mailbox['__crm'])): ?> unchecked <? endif ?>>
<label class="mail-connect-form-label mail-connect-form-label-check" for="mail_connect_mb_crm_switch"><?=Loc::getMessage('MAIL_CLIENT_CONFIG_CRM_ACTIVE') ?></label>
</div>