UML стандарта достаточно для проектирования большей части проектов, в том числе и веб ориентированных.
А для этого есть большой спектр приложений, ArgoUML, Star UML 2, (online) Gliffy, и т.д.
есть еще интересная штука
https://www.genmymodel.com - бесплатно, но пока что бета версия.