Costura собирает только managed код в себя.
WebView2 - это уже unmanaged.
Переходи на dotnet 6 - там можно включить неуправляемые библиотеки так, чтобы они распаковывались при запуске.
PS: single file для десктопных приложений переоценён. Обновления, например, гораздо легче накатывать, когда у тебя много файлов, тк те файлы, которые не изменились, можно будет не передавать при обновлении