В самом iscsi нет ограничений на размер тома.
Но у самого Synology есть ограничение, которое зависит от модели:
https://kb.synology.com/en-in/DSM/tutorial/Why_doe....
В сети AD есть ? По идее, Synology нормально вводится в домен, и тем самым решается вопрос с управлением правами.
Для начала, я бы все же попробовал сделать общую шару на самом Synology.
Если есть твердая решимость использовать iscsi:
Если ваша модель позволяет создать том, размер которого нужен под хранилище - я бы создал 1 том.
Единого рецепта нет, так как это всегда вопрос компромисса. 1 Большой том - проще в использовании, но большая засада для Backup и в случае восстановления.