TL;DR: ты путаешь объекты и ссылки на объекты.
Если придумывать как я люблю разные аналогии, то представим что объект это воздушный шар, а ссылка на объект это канат который привязывает этот шар к земле (или другим шарам).
Ты создал новый воздушный шар { name:"object" } и привязал его канатом с биркой obj к земле (obj = ...).
Потом ты привязал ещё один канат с биркой arrq[0] к этому же шару (arrq = [obj]).
А потом отвязал канат obj (obj = null).
При этом канат arrq[0] никуда не делся и всё так же привязан к шару.
Мне эта аналогия нравится ещё тем, что когда ты отвяжешь последний канат связывающий воздушный шар с землёй (например напишешь arrq[0] = null), то он улетит и в конце концов где-то упадёт и пропадёт (сработает сборщик мусора).