Это не проблема Git. Git выводит лог в UTF-8, а обычный терминал не может корректно обработать UTF-8 из-за сломанной/несгенерированной локали. Поэтому less показывает байты как <9E>….
VS Code всегда работает в UTF-8 и фактически игнорирует ошибки системной локали, поэтому маскирует проблему.
Как проверить и подтвердить:
git --no-pager log
Если без pager русский нормальный — проблема именно в less / локали.
Как исправить (Ubuntu / WSL):
sudo apt install locales
sudo locale-gen en_US.UTF-8
sudo update-locale LANG=en_US.UTF-8
и перезапустить терминал.