будет трудно найти того, кто будет это настраивать и поддерживать
все ваши проблемы от сюда. Либо ищите готового специалиста, либо выращивайте своего
Контейнеризация это форма изоляции, переносит проблему коллективной работы с локальными ресурсами на работу с сетевыми, где из коробки больше механизмов ограничения доступа (но не квот на объем доступных ресурсов). Плюс она не бесплатна и часто добавляет накладных расходов на работу с диском и геморой к примеру при работе с gpu, я молчу про желание самих клиентов работать со своими контейнерами, получается каскадирование (контейнер в контейнере) - что еще сильнее добавляет нагрузку на процессор.
Самая большая проблема у вас это не борьба со злоумышленниками, с ними вы без специалиста никак не справитесь (контейнеры только уменьшат вероятность их появления), а учет ресурсов. Вам нужно уметь выставлять квоты на время, процессор, gpu, диск... все это доступно из коробки в linux но без красивого GUI все нужно изучать самостоятельно.
Настоятельно рекомендую организовывать работу с пользователями linux, все инструменты настроены именно на это, а контейнеризация перенесет все под одну гребенку и усложнит.