Загрузочный сектор MBR диска умели заражать ещё со времён MS-DOS ранних версий.
Сейчас известны методы заражения EFI (т.е. зараза сохраняется после чистой установки системы).
Также известен метод заражения прошивки контроллера жесткого диска, что в принципе не позволяет обнаружить заразу любыми программными средствами, только в лаборатории на специальном оборудовании; но такие методы - это удел спецслужб (АНБ, ЦРУ,..).