Вы бы сказали, что это за приложения..
По моим понятиям, в windows таблица маршрутизации глобальная.
Приложения пользуются общей таблицей маршрутизации.
Если приложения обращаются к разным хостам, можно прописать маршруты через разные интерфейсы. Тогда не важно каким приложением пользуемся, маршруты будут зависеть от того, к кому обращаемся.
Как вариант - поставить виртуалку, которой отдать usb сетевой адаптер, и в ней запускать другое приложение..