Была та же проблема. Я на своем дедике сделал очень просто:
1. раз в сутки на сервере создается дамп базы и скалдывается в директорию которая будет забэкаплена на следующем шаге
2. на локальной машине раз в сутки запускается
rsync /usr/bin/rsync -av --delete user@host:/direcroy/to/backup /var/backups/sitename/
3. Чтоб не спрашивали пароль настроена беспраольная аутентификация (
как-то так)
Первое выполнение скрипта приведет к полному перетягиванию данных, все последующие — только изменившихся данных. В результате нагрузка достаточно невелика.
Это всё в предположении, что на сервере есть ssh (на VPS-ке должен быть) и есть локальная машина куда забирать данные