У вас есть как минимум 3 способа (а на самом деле еще больше):
Вариант 1: парсер
$companyId = $this->ParseValue('{'.'=Document:ID}');
Вариант 2: runtime свойство:
list($property, $companyId) = $this->getRuntimeProperty(
\Bitrix\Bizproc\Workflow\Template\SourceType::DocumentField,
'ID',
$this
);
// $companyId - идентификатор сущности
Вариант 3: document service
$documentId = $this->getDocumentId();
$documentService = $this->workflow->getService('DocumentService');
$document = $documentService->getDocument($documentId);
$companyId = $document['ID'];