Как совершенно справедливо заметил
Akina, единственно что отличает ответ от корневого коментария - наличие родителя. По этому нет смысла плодить сущности, надо просто добавить одно-два поля. В зависимости от вида коментариев - 1 ветка(как на вк например) или ветвление (как на хабре), структура хранения может немного отличаться, но в целом это просто будет набор комментов, с указанием родителя (если родитель_айди = 0 или = айди, в зависимости от логики, то это корневой комент). Для разветвленных коментариев удобно добавлять айди ветки, по которой они будут группироваться, для 2 уровней это поле избыточно.