Можно просто каждый раз рассчитывать кол-во комментов, при небольшой нагрузки это не проблема. Если это начинает сказываться на производительность, то делают денормализацию, отдельный счетчик это и есть такой случай. Если всё сделать правильно, то 1й первый без проблем работает, 2й вариант применяет при кривой реализации или есть случаи когда добавление/удаление происходит извне системы, другие решение это случая 1й вариант, с периодическим фоновым пересчетом.
А так, вообще не вижу тут проблемы, чтобы приходить сюда с таким вопросом, можно было просто подумать, поиспользовать на практике и тогда понять, какой подход нужен в конкретном случае. И главное, а при чем тут PHP?